Kopi yang dibawa oleh penjajah Belanda merupakan awal adanya kopi di Indonesia. Kopi pertama kali masuk Indonesia tahun 1696 dari jenis kopi arabika. Kopi tersebut masuk melalui Batavia (sekarang Jakarta) yang dibawa oleh Komandan Pasukan Belanda, Adrian Van Ommen dari Malabar – India,
kemudian ditanam dan dikembangkan di tempat yang sekarang dikenal dengan Pondok Kopi – Jakarta Timur, dengan menggunakan tanah partikelir Kedaung.
Sayangnya tanaman ini kemudian mati akibat banjir, maka pada tahun 1699 didatangkan lagi bibit-bibit baru yang kemudian berkembang di sekitar Jakarta dan Jawa Barat, antara lain Priangan, dan akhirnya menyebar ke berbagai bagian di kepulauan Indonesia seperti Sumatera, Bali, Sulawesi, dan Timor.
Sejak saat itu, kopi menjdai komoditas dagang yang sangat diandalkan oleh VOC. Pada tahun 1706, kopi jawa diteliti oleh Belanda di Amsterdam. Kemudian tahun 1714 hasil penelitian trsebut oleh Belanda diperkenalkan dan ditanam di Jardin des Plantes oleh Raja Louis XIV.
Ekspor kopi Indonesia prtama kali dilakukan pada tahun 1711 oleh VOC dan dalam kurun waktu 10 tahun meningkat sampai 60 ton/ tahun. Hindia Belanda saat itu menjdai perkebunan kopi pertama di luar Arab dan Ethiopia, yang menjadikan VOC memonopoli perdagangan kopi ini dari tahun 1725-1780. Pada saat itu, kopi jawa sangat terkenal di Eropa sehingga orang-orang Eropa menyebutnya ‘A Cup of Java’ atau ‘secangkir Jawa’. Sampai pertengahan abad ke 19, kopi jawa menjadi kopi terbaik di dunia.
Selama satu sampai tiga perempat abad, kopi Arabika merupakan satu-satunya jenis kopi komersial yang ditanam di Indonesia. Tetapi perkembangan budidaya kopi arabika di Indonesia mengalami kemunduran hebat, dikarenakan serangan penyakit karat daun (Hemileia Vastatrix), yang masuk ke Indonesia sejak tahun 1876. Akibatnya, kopi arabika yang dapat bertahan hidup hanya pada ketinggian 1000 mdpl, di mana serangan penyakit ini tidak begitu hebat. Sisa-sia tanaman kopi arabika masih dijumpai di dataran tinggi Ijen (Jawa Timur), Tanah Tinggi Toraja (Sulawesi Selatan), lereng bagian atas Bukit Barisan (Sumatera) seperti Mandailing, Lintong dan Sidikalang di Sumatera Utara dan dataran tinggi Gayo di Nangroe Aceh Darussalam.
Usaha selanjutnya dari Pemerintah Belanda adalah dengan mendatangkan kopi jenis robusta (Coffea Canephora) tahun 1900. Tanaman kopi robusta dapat bertahan terhadap penyakit karat daun dan memerlukan syarat tumbuh serta pemeliharaan yang ringan, sedangkan produksinya jauh lebih tinggi.
Maka kopi robusta menjadi cepat berkembang menggantikan jenis arabika khususnya di daerah-daerah dengan ketinggian di bawah 1000 mdpl dan mulai menyebar ke seluruh daerah, baik di Jawa, Sumatera maupun Indonesia bagian Timur.
Semenjak Pemerintah Hindi Belanda meninggalkan Indonesia, perkebunan rakyat teruss tumbuh dan berkembang, sedangkan perkebunan swasta hanya bertahan di Jawa Tengah, Jawa Timur, dan sebagin kecil di Sumatera, dan perkembangan negara (PTPN) hanya tinggal di Jawa Timur dan Jawa Tengah.
